Система управления инновациями нацелена на планомерное развитие и внедрение различных инструментов, в том числе:

- управленческих структур, отвечающих за инновационное и научно-технологическое развитие Госкорпорации, и системы распределения функций, ответственности и полномочий;

- системы разработки и внедрения инновационной продукции и технологий, включая инструменты планирования, организационного обеспечения и управления научными программами и портфелем НИОКР, механизмы внедрения новых технологий в производство инновационной продукции, научно-технические компетенции, систему управления интеллектуальной собственностью и управления знаниями, экспериментальную базу и площадки, центры сертификации и компетенций;

- инструментов взаимодействия со сторонними организациями, в том числе партнерство в сферах образования и науки, взаимодействие с технологическими платформами, инновационный потенциал регионов и инновационных территориальных кластеров, международное сотрудничество.

Модель управления финансированием ПИР предусматривает целеполагание и декомпозицию целей направлений по программам НИОКР, балансировку состава программ и проектов с ресурсами, доведение финансирования и реализацию проектов, приемку и проверку достижения целей программ и направлений в порядке, обратном порядку декомпозиции. 

Госкорпорация применяет широкий спектр возможностей:
- развивает механизмы диверсификации источников финансирования для инновационных проектов на любых рынках присутствия, в первую очередь для новых, неэнергетических рынков атомной отрасли;
- расширяет механизмы проектного финансирования, в том числе финансирования приоритетных проектов и проектов нового бизнеса в формате льготного кредитования;
- в целях привлечения сторонних инвестиций постоянно осуществляет мероприятия по продвижению ядерных технологий и научно-технических компетенций на российский и международный рынок, в том числе заключая соглашения о совместной инновационной деятельности с Правительством регионов, банками и международными организациями;
- поддерживает корпоративный венчурный фонд, осуществляющий финансирование перспективных проектов, значимых не только для атомной отрасли, но и для России;
- проводит конкурс стартапов и новых идей, используя собственный бизнес-акселератор;
- поддерживает молодых ученых атомной отрасли ежегодно проводя конкурс проектов и присуждая премии и др.